Na segunda temporada, que começa com a segunda parte do último episódio da primeira, as espias tentam desvendar os emigmas do vilão Marco Lumière. No final do episódio, Alex, que tinha sido sequestrada, é salva enquanto o vilão é preso. Num dos episódios da temporada, as mães de Alex, Sam e Clover são controladas pelo vilão Tim Scam (que já tinha participado na série na primeira anterior). O vilão Sebastian Saga, primeiro vilão apresentado na série, também regressa nesta temporada num ep. A agência S.P.I., uma rival da WOOHP, acaba a resolver todos os casos da WOOHP, mas no final as Espias descobrem a farsa e a agência acaba por fechar!
2 - 1Nasce uma Espiã | Parte 2 Aug. 08, 2003
2 - 2Quero Minha Múmia Aug. 13, 2003
2 - 3O Cabeleireiro do Mal Aug. 14, 2003
2 - 4Fator Mau-Caráter Aug. 15, 2003
2 - 5É o Jeito Como Se Joga Aug. 18, 2003
2 - 6Lá Vem o Sol Aug. 19, 2003
2 - 7Verde de Inveja Aug. 20, 2003
2 - 8
2 - 9Eu, Dude Aug. 22, 2003
2 - 10Mãezinhas Queridas Aug. 25, 2003
2 - 11O Mundo de Zooney Aug. 26, 2003
2 - 12Primeira Pirralha Sep. 24, 2003
2 - 13Mulheres Lutadoras Apr. 19, 2004
2 - 14Loucuras de Arrebentar Apr. 20, 2004
2 - 15Quem é a Estrela? Apr. 21, 2004
2 - 16S.P.I Apr. 22, 2004
2 - 17Mundo Animal Apr. 23, 2004
2 - 18Pesadelo da Natureza Apr. 26, 2004
2 - 19Alex se Demite Apr. 27, 2004
2 - 20Completamente Trocado Apr. 29, 2004
2 - 21Viagem à Estação de Esqui Apr. 28, 2004
2 - 22O Elevador Apr. 30, 2004
2 - 23O Casamenteiro May. 03, 2004
2 - 24O Sorvedouro de Cérebros May. 04, 2004
2 - 25O Passo em Falso da Moda May. 05, 2004
2 - 26Brinquedos Perigosos Aug. 08, 2003