Com Chuck, Sarah, Morgan e Casey trabalhando com a Industrias Carmichael, como espiões independentes, Morgan precisa aprender a lidar com o Intersetorial 2.0, enquanto Chuck precisa confiar em suas habilidades de espião depois que seu Intersetorial foi removido. Enquanto isso, a equipe tem que enfrentar ameaças contínuas contra sua empresa de espionagem recém-fundada, enquanto manipula missões de seus clientes.